سکوت حضرت دلایل متعددی داشته مانند:

1) وصیّت از طرف خدای متعال به صبر در مقابل حوادث ناگوار بعد از شهادت رسول خدا صلی الله علیه وآله، مثل حادثه عقب گرد مردم از دین که قرآن مجید در سوره آل عمران آیه کریمه 144 به آن اشاره دارد که به اسم مسلمانند و در واقع خیر. و مثل غصب خلافت و مصادره فدک و به شهادت رساندن حضرت محسن و حضرت زهرا سلام الله علیهما.

2) حفظ اسلام و حفظ نام آن و محافظت بر زحمات شب و روز رسول خدا صلی الله علیه وآله که دشمنان در صدد نابودی آن بودند، مثلاً با رسیدن خبر شهادت رسول خدا صلی الله علیه وآله به مکه، فوری سران قریش جلسه تشکیل داده و گفتند ما با زور مسلمان شدیم حال که رسول خدا از دنیا رفتند به بت‌پرستی خود برگردیم، عدّهﺍی از آنان گفتند: ما آخرین افرادی بودیم که مسلمان شدیم، حال اولین افرادی نباشیم که به بت‌پرستی برگردیم، صبر کنیم ببینیم مرکز که مدینه هست چه ﻣﻰکنند اگر آنان برگشتند ما هم بر ﻣﻰگردیم و اگر ماندند ما هم ﻣﻰمانیم. و حضرت علی علیه السلام اگر شمشیر ﻣﻰکشیدند، آنان که دندان طمع به ریاست داشتند اسلام را منکر شده واعلان بتﭘﺮستی ﻣﻰکردند وبتﭘﺮستی بار دیگر جای خود را باز ﻣﻰکرد.

3) حضرت با این روش مورد وصیّت، اسلام را گرچه تنها نام آن بود توانستند حفظ کنند و توسط راهنمائیﻫﺎ و تعلیمات خود و اهل بیت علیهم السلام حقیقت اسلام را حفظ و به دیگران منتقل کردند.